En 1956, au Japon, dans la baie de Minamata, une malédiction semble s'être abattue sur le village de pêcheurs : les enfants tombent malades et les animaux meurent. Yukiko la soeur de Yukio le narrateur est née avec de graves malformations. Son arrivée est perçue par tous comme symbole du mal qui rôde. Des experts révèlent toutefois qu'une compagnie déverse du mercure dans la baie.