Face aux cristaux d'étoile et à leurs fées menaçantes, et craignant pour la vie de ses élèves, Negi demande l'aide d'Evangeline pour devenir plus fort. Il devient son disciple. Mais c'est grâce à Asuna, Konoka et Setsuna que Negi découvre que les cristaux sont le catalyseur des sentiments négatifs d'une certaine personne...