Jacob Portman, 16 ans, écoute depuis son enfance les récits fabuleux de son grand-père. Ce dernier, un juif polonais, a passé une partie de sa vie sur une minuscule île du pays de Galles, où ses parents l'avaient envoyé pour le protéger de la menace nazie. Recueilli par Miss Peregrine Faucon, la directrice d'un orphelinat pour enfants "particuliers", il a côtoyé une ribambelle d'enfants doués de capacités surnaturelles. Un soir, Jacob trouve son grand-père mortellement blessé par une horrible créature qui s'enfuit sous ses yeux. Bouleversé, Jacob part sur l'île en quête de vérité. En découvrant le pensionnat en ruines, il n'a plus aucun doute : les enfants particuliers ont réellement existé. Et s'ils étaient toujours en vie, aussi étrange que cela puisse paraître ?