Alors que les mutants poursuivent leur lutte contre une société qui a du mal à les accepter, une mystérieuse créature s'attaque au Président des Etats-Unis et relance la polémique autour des mutants. Les partisans de la création d'un fichier qui les recenserait reviennent à l'assaut. Magneto et les X-Men vont devoir unir leurs forces pour combattre un ennemi commun... et redoutable.