La fin des vacances s'annonce pour Penny... mais pas celle de ses aventures ! L'heure est grave : calèche à chevaux sur l'autoroute, ancien pont transbordeur qui réapparaît, TGV qui se manifeste dans le passé... les anachronismes se multiplient. Aspirée par une faille spatio-temporelle, Penny se retrouve à bord du Nautilus, fameux sous-marin décrit par Jules Verne dans 20 000 lieues sous les mers. Avec ses amis à bord, le submersible les amène à Atlantide, cité perdue sise dans un volcan éteint. Là-bas, ils découvrent un danger plus grand encore que tout ce qu'ils ont jamais affronté... Et, surtout, ils retrouvent un ancien ennemi qui pourrait bien s'avérer être leur unique allié : Arsène Lupin. Les Veilleurs survivront-ils aux complots ourdis sous les Rouages du Temps ?