Un matin, Steveun, 13 ans, engloutit en même temps que son bol de céréales, le sous-marin miniature offert dans le paquet. Lorsque l'engin atterrit dans l'estomac, Pistou et Chimou, deux petites bactéries, y voient l'occasion de partir à l'aventure. Commence alors l'exploration du corps humain pour les deux héros poursuivis par un affreux virus et traqués par les globules blancs.