Un étrange parasite sème la panique à bord du vaisseau spatial dans lequel Saphir et son équipage se sont enfuis ! Heureusement, le cyber-chirurgien Black Jack arrive à la rescousse pour aider nos amis ! Bientôt, la "Team Phoenix" s'engage dans une mission pour secourir le célèbre patient Alpha, retenu prisonnier dans une forteresse spatiale.