Alors qu'il prépare une nouvelle invention sur la dilatation de l'eau, afin d'irriguer les déserts, le Comte de Champignac est enlevé par de mystérieux robots. Peu après, Paris est englouti par un incroyable raz-de marée. Déjouant les barrages policiers, Spirou et Fantasio s'introduisent dans la capitale sinistrée et bientôt désertée, à la recherche de leur ami. Mais le Comte est tombé dans les griffes d'ennemi plus implaquable que tous ceux affrontés par le passé. Un ennemi qui le connait trés bien, trop bien..