L'heure n'est plus à la fuite, mais à la lutte. Noa a décidé de se battre contre le sinistre Projet Perséphone. Avec d'autres adolescents rescapés du Projet, elle monte une armée souterraine, et ils sillonnent les Etats-Unis pour empêcher leurs ennemis de kidnapper de nouveaux cobayes. Peter, resté à Boston, utilise ses talents de hackeur afin de pénétrer dans le système de l'organisation. Mais une poignée de jeunes peut-elle venir à bout d'une corporation si puissante ?