Emma et Lucas, désormais enquêteurs de la très secrète guilde des Jardins du Roi, suivent un entraînement très serré pour parfaire connaissances botaniques et aptitudes au combat. Leur vieil ami et mentor, jean-Marie James Ecolloyd alias JMJ, leur propose de participer à l'élaboration d'une grande exposition internationale sur le fruit le plus consommé au monde : la pomme. A l'invitation du Jardin des Plantes de Rouen, qui pilote ce travail scientifique de haut vol, les deux adolescents profitent donc de leurs vacances de printemps pour intégrer une prestigieuse délégation de chercheurs venus du monde entier. Mais la proposition de Jean-Marie James est-elle aussi "innocente" que cela ? Ou cache-t-elle une mission clandestine visant à comprendre les causes d'un mal étrange qui frappe les vergers normands les uns après les autres ?