Après un combat dévastateur contre l'énigmatique Scar, Edward et Alphonse se rendent dans leur village natal afin de réparer leurs corps meurtris. C'est l'occasion pour les frères Elrics de retrouver Winry Rockbell, leur amie d'enfance ainsi que sa grand-mère Pinako Rockbell qui sont les mécaniciennes les plus réputées de la région. Mais le repos est de courte durée et nos alchimistes partent rapidement pour la capitale, Central, afin de percer le secret de la pierre philosophale et du Laboratoire N°5...