D'un côté, les membres d'équipage du SS Robin Suzumiya. Embarqués par le capitaine Spöring dans une mission d'exploration des fonds marins et de collecte des vestiges de la civilisation humaine, cela fait déjà quelques temps qu'ils sont en mission sans en connaître le véritable but, et les tensions se font sentir. Loin à la surface, dans son village sur pilotis, le jeune Alphonsino s'apprête à passer l'épreuve initiatique du gratte-coque. Mais alors qu'il avait réussi à décrocher une coque du fond de la mer, il est attiré par une pierre luminescente qui scellera son destin. ll y a aussi la jolie Agnès, tenue en vie dans une sphère de liquide par un savant peu scrupuleux, et que tente de sauver Ducan Dimanche avec courage et panache. Ils ne le savent pas encore, mais les destins de ces héros vont bientôt se croiser...